Nach der Berufsausbildung zur Maschinen‐ und Anlagemonteurin studierte sie von 1984 bis 1989 Ingenieurpädagogik für Maschinenbau an der Technischen Universität Karl‐Marx‐Stadt (heute Chemnitz).
Von 1989 bis 1996 war sie unter anderem Berufsschullehrerin in Werdau und Zwickau sowie Referentin bei der Gesellschaft zur beruflichen Weiterbildung und Umschulung in Glauchau. Von 1996 bis 2006 arbeitete sie als Berufsschullehrerin im Oberstufenzentrum Havelland in Friesack. Hieran schloss sich bis 2011 die Tätigkeit als Abteilungsleiterin im Eduard‐Maurer‐Oberstufenzentrum in Hennigsdorf an. Von 2011 bis 2014 war Kerstin Niendorf als Schulrätin im Staatlichen Schulamt Perleberg tätig.
In Brandenburg an der Havel hatte sie von 2014 bis 2016 die Leitung der Regionalstelle beim Landesschulamt inne, danach war sie bis 2018 Leiterin des dortigen Staatlichen Schulamts. Ab 2018 war Kerstin Niendorf Zweite Beigeordnete sowie Dezernentin für Bildung, Jugend und Gesundheit im Landkreis Oberhavel, Oranienburg.
Im Oktober 2023 wurde sie vom Gemeinderat zur Leiterin des Schulverwaltungsamts als Nachfolgerin von Andreas Hein gewählt. Das Schulverwaltungsamt ist dem Referat Jugend und Bildung zugeordnet und mit rund 900 Mitarbeitenden eines der größten Ämter der Stadtverwaltung. In diesem Amt sind sämtliche städtischen Schulträgeraufgaben, von der Schulentwicklungsplanung, über das gesamte Gebäudemanagement der Schul‐ und Schulsportanlagen bis zum Betrieb der pädagogischen Schul‐IT, gebündelt. Die Umsetzung bildungspolitischer Entscheidungen, u.a. der Rechtsanspruch auf Ganztag und Landesprogramme, gehören ebenfalls zum Aufgabengebiet dieses großen Amtes.